Een vereniging die zich bezighield met natuurwetenschappen stond kennelijk niet onder verdenking bij de bezetter. In elk geval ontkwam Physica aan het lot, dat zoveel Nederlandse verenigingen trof, namelijk opheffing en confiscatie van het bezit. De bijeenkomsten gingen door voor zover dat met de middelen van die dagen mogelijk was. Wel liep het ledental terug naar 54 in 1942. Het werd wel lastiger om sprekers van buiten Tiel te krijgen “gezien steeds moeilijker wordende reisgelegenheid”. Daarover werd in 1943 in het bestuur geklaagd. Maar toch kreeg de vereniging voor 1943-1944 wel een programma rond, waarbij ook nog rekening moest worden gehouden met avondklok en verduisteringsplicht.
In het verenigingsjaar 1944-1945 viel uiteraard niets te plannen. De bezittingen van Physica leken redelijk veilig opgeborgen in kasten op de Ambachtsschool aan de Oliemolenwal. Maar de oorlogsbeschietingen vanaf de overkant van de Waal spaarden niets. Gedurende de winter werd de Ambachtsschool totaal vernield en van de Physicabezittingen – inclusief het rijke verenigingsarchief – bleef alleen het halfverbrande laatste notulenboek over. Het Spaarbankgebouw, waar men altijd had vergaderd, was nog zwaarder getroffen. Dus ook de 57 jaar lang gebruikte vergaderzaal bestond niet meer.